Los primeros asentamientos en el término municipal datan de la Edad de Bronce y el actual de la Villa de El Berrueco se sitúa entre los siglos X y XI.

El privilegio otorgaba a los vecinos el derecho a nombrar alcaldes con jurisdicción civil y criminal, regidores, procuradores y demás cargos del concejo.El término de El Berrueco lindaba con Uceda; Torrelaguna, Bustarviejo  y algunas aldeas de Buitrago como La Cabrera y Cervera y era una de las aldeas de la Villa de Uceda que pertenecía al Arzobispado de Toledo hasta que en 1575, por una  Real Cédula del Papa Gregorio XIII al rey Felipe II, pasó a pertenecer  a la Corona  lo que originó numerosos conflictos consiguiendo los derechos de Villazgo mediante un Privilegio Real de 1592.

Igualmente la Corona ordenó la instalación de una horca y una picota, lo que significaba una total autonomía para poder llevar a cabo juicios y ejecuciones sin necesidad de depender de otra villa.

Todos estos pleitos, amojonamientos y pagos efectuados, llevaron al concejo a contraer numerosas deudas que, para hacerles frente, cargaban de impuestos a los vecinos, lo que generó una fuerte emigración. Ante esta situación el concejo pidió permiso a la Corona para vender sus tierras  y así perder la jurisdicción en 1613, momento en que El Berrueco volvió  a formar parte del Duque de Uceda.

Ya en el siglo XIX la nueva demarcación le separó definitivamente de Uceda y quedó dentro de la  provincia de Madrid. Pero hubo largos pleitos, entre los que destacaron los mantenidos con las aldeas de Sieteiglesias y, principalmente, con La Cabrera, ya que entre los términos de ambos era por donde corría la Cañada Real Segoviana.

Parte de las tierras comunales fueron adquiridas por la Sociedad de Vecinos de El Berrueco, formada especialmente para poder optar a su compra. El Ayuntamiento consiguió que la dehesa boyal se  eximiera de la venta y pasara a propiedad municipal.

En el siglo XX, uno de los hechos que más influirá en la evolución de El Berrueco será la construcción del Embalse del Atazar en 1976.